يقع مبنى الأكاديمية داخل مطار الخرطوم، فى الجهة الجنوبية الغربية على شارع أفريقيا وشمال صالة الحج والعمرة. ويتكون من عدد كافى من القاعات الدراسية المجهزة وفقاً للقياسات العالمية المعتمدة، ويشتمل المبنى أيضاً على المكاتب الإدارية المختلفة وبه مكتبة ذات سعة كبيرة تحتوى على أحدث المراجع العلمية لجميع التخصصات ومكتبة إلكترونية وأجهزة عرض فيديو ووسائل تعليمية حديثة وإنترنت عالى السرعة.
كما يضم المبنى معمل حاسوب مجهز بأحدث الأجهزة وبه شبكة انترنت عالى السرعة ومركز لخدمات الطباعة للطلاب. ويحتوى المبنى أيضاً مجموعة من المعامل التخصصية للتدريب العملى. كما يحتوى المبنى على إستراحة للطلاب مجهزة بجميع وسائل الترفيه وبها كافتيريا خدمية ومصلى وإستراحة منفصلة للطالبات.